本经的内容，一方面是令我们学习如何消除身心的病苦，本经的修法可以用很多方法来概括，可以用一个字来概括药师法门——禅。分别包括了如来禅、祖师禅和秘密禅。
如来禅是由定发慧，渐修的方法，从呼吸下手，断惑证真。
祖师禅是心法，以慧摄定，明心见性，顿证菩提。
秘密禅是色法，告诉我们如何在饮食之中修行。
不管我们学佛不学佛，一个人要活下来，离不开饮食、呼吸、睡眠，而药师佛就在饮食、呼吸、睡眠之中告诉我们如何来修秘密禅、如来禅和祖师禅。
药师法门如果用两个字来概括就是——健康。身体健康无病苦，心灵健康无烦恼，灵性健康出轮回。这个是我们每一位佛弟子都希望得到的，但是并不是说你会念《药师经》，你自然地身体马上就健康了，那不见得。我们还要知道，《药师经》里面，药师佛开示我们怎样获得健康，善于正确地运用好这个身体，那么她基本上是不会生病的，就算是生病，也很快可以调理过来。
现在虽然说科学进步了，医学技术也发展了，但是我们可以很明显地知道，现代的医学对一切的慢性病都没有办法彻底根治，只能够控制，你看好像高血压、心脏病、糖尿病、肿瘤、红斑狼疮、尿毒症等等，许许多多的慢性病都只能够依靠终身服药来维持，而最后的结果是身心煎熬，人财两空，都是因为我们不了解药师法门的缘故。希望我们透过药师法门，能够在身体没有发病之前，透过一些征兆你就会知道可能会产生什么病，我们要怎样子去预防、去调理。
药师法门里面有一些口诀，就从当下所处的时空点上可以知道怎样来判断我们的身体健康状况，“上医治未病”。不单单是你的身体状况可以看得到，并且每个人他的寿夭、穷通都可以看得到。寿命会有多长，什么时候差不多会命尽，事业上面有没有前途，存在哪些障碍，都可以通过药师法门知道。当然更进一步是要超出轮回。
药师法门如果是用三个字来概括，就是——色、息、心。色法、心法、息法：色法在饮食中间修，是秘密禅；息法在呼吸中间修，是如来禅；心法在睡眠之中修，是祖师禅。